El Acto Legislativo No. 03 del 19 de diciembre de 2002 modificó la Constitución de 1991 y estableció el Sistema Penal Acusatorio en Colombia. Este es, tal vez, el cambio más complejo sufrido en la administración de justicia durante la última década. La implantación del nuevo sistema implicaba modificaciones de fondo en la rama judicial, la defensoría penal pública, la fiscalía general de la nación y los órganos de policía judicial. Para diseñar el detalle del proceso de cambio, la Comisión Interinstitucional para la Implantación del Sistema Penal Acusatorio abrió un concurso público que fue adjudicado a la Universidad de los Andes en unión temporal con el Instituto Ser de Investigación. Este artículo presenta un escueto recuento de la forma en que se desarrolló este trabajo multidisciplinario dirigido desde el Departamento de Ingeniería Industrial.